Nato nel 1403 ca. nella città greca di Trebisonda, sul Mar Nero, fu un grande personaggio del suo tempo e la più grande personalità dell'Oriente Cristiano, insigne teologo e umanista. Nel 1423 divenne monaco basiliano e cambiò il nome di battesimo, Basilio, in Bessarione (santo anacoreta egiziano).

Dal 1430 al 1436 fu alla scuola del maggior filosofo greco del tempo, Giorgio Gemisto detto Pletone, divenendo conoscitore eccellente della filosofia platonica e aristotelica, della matematica, dell'astronomia, della cultura classica.

Fu fatto arcivescovo di Nicea e in tale veste partecipò nel 1437 al Concilio di Ferrara-Firenze, convocato dal papa Eugenio IV in accordo con l'imperatore di Bisanzio Giovanni VIII Paleologo per realizzare l'unione fra i cristiani d'Oriente e d'Occidente. Qui si distinse come la personalità di maggior rilievo e fu soprattutto per merito suo se l'Unione fu proclamata il 6 luglio 1439 a Firenze. Il contributo del Bessarione alle elaborazioni dottrinali fu determinante, e fu proprio lui a leggere il decreto d'Unione (Oratio Dogmatica de Unione) in greco, mentre il cardinale Cesarini lo lesse in latino. Al termine del Concilio ritornò a Costantinopoli ove trovò un'atmosfera ostile all'unione che lo spinse a trasferirsi definitivamente a Roma, ove gli furono affidati importanti incarichi diplomatici e amministrativi.

Purtroppo i Greci avevano respinto l'Unione, che apparve loro una nuova sopraffazione occidentale, sicché gli sforzi del Concilio furono vani. Bessarione invece fu tra i pochi che rimasero fedeli all'Unione, e accettò il cappello cardinalizio, persuaso di poter così meglio giovare alla causa dei Greci.

Divenuto cardinale, si dedicò soprattutto a due scopi: come diplomatico, alla difesa delle terre greche attaccate dai Turchi; come uomo di cultura, alla diffusione del pensiero greco, soprattutto neoplatonico, e al salvataggio delle testimonianze scritte della civiltà greca antica di cui egli temeva la completa distruzione per l'avanzata distruttiva dei Turchi. Di fatto, dopo la caduta di Costantinopoli nel 1453 Bessarione tentò invano di organizzare una crociata per la sua liberazione.

Nel 1462 fu nominato primo abate commendatario dell'Abbazia Greca di Grottaferrata. La nomina fu emblematica, legata agli aspetti peculiari della sua personalità quali la fedeltà all'unione delle due Chiese, l'amore per la cultura classica e l'impegno per la sopravvivenza della tradizione monastica italo-greca che curò come Protettore dei Monaci Basiliani in Italia.

Grande bibliofilo, si impegnò nella raccolta di antichi codici greci provenienti dalla Grecia, da Costantinopoli e dall'Italia Meridionale. Nel 1468 decise di donare i suoi libri a Venezia.

Morì il 18 Novembre del 1472 a Ravenna. Le sue spoglie sono conservate nella Chiesa dei Santi Apostoli a Roma.