Υπάρχουν βάσιμες εικασίες ότι η εικόνα της Παμμακαρίστου Θεοτόκου συνόδευε τους Βασιλειανούς Μοναχούς της Κρυπτοφέρρης στη μετακίνηση τους από τη Νότια Ιταλία.

Πιθανώς τους αφαιρέθηκε από τον κόμη Τολομαίο 2ο του Τούσκολο, έκφυλο απόγονο των μεγάλων ευεργετών του μοναστηριού, όταν πριν από το 1140 λεηλάτησε την Κρυπτοφέρρη. Σύμφωνα με μια παράδοση η εικόνα της Παναγίας βρισκόταν στο Τούσκολο μέχρι το 1191. Βέβαιο είναι ότι δόθηκε ή επιστράφηκε στο Ναό του μοναστηριού μας το 1230 από τον Πάπα Γρηγόριο 11ο, πού κάθε τόσο πήγαινε να προσκυνήσει το σεπτό εικόνισμα και διανυκτέρευε στο μοναστήρι.

Όταν οι μοναχοί μπόρεσαν πάλι να διαμορφώσουν το Ιερό του Ναού σύμφωνα με τη Βυζαντινή τους παράδοση, το 1882 μετέτρεψαν τον καλλιμάρμαρο βωμό στο σημερινό τέμπλο του Ναού κι έβαλαν πίσω από αυτό την υπάρχουσα τετράγωνη Αγία Τράπεζα και το υπόστυλο θόλωμα, από το όποιο κρέμεται το ασημένιο περιστέρι που χρησιμεύει σαν ιερό αρτοφόριο. Τα ξυλόγλυπτα στασίδια μπροστά στο τέμπλο έγιναν το 1901.

Η σεπτή εικόνα της Παμμακαρίστου Θεοτόκου Κρυπτοφέρρης ήταν πάντοτε αντικείμενο ευλάβειας πολυάριθμων πιστών, ένα από τα πολυσύχναστα θεομητορικά προσκυνήματα της Ιταλίας. Ανάμεσα στους προσκυνητές και αρκετοί Άγιοι.

Ό πάπας Πίος 9ος συνήθιζε να έρχεται συχνά εδώ να προσευχηθεί. Πιο πρόσφατα την τίμησαν επίσης με την ευλάβεια τους οι Πάπες: Ιωάννης 23ος (1960), Παύλος 6ος (1963) και Ιωάννης Παύλος 2ος (1979 και 1987).