Saint Nil exerçait déjà l'art du calligraphe avec habileté et élégance: il fut aussi l'inventeur d'un système d'abréviations tout à lui (tachygraphie) et il est à l'origine d'une école d'écriture particulière, l'école 'nilienne'. On possède trois manuscrits qui sont l'oeuvre de saint Nil lui-même et qui contiennent des écrits monastiques de l'époque patristique.

Quelques-uns des disciples de saint Nil étaient des scribes eux aussi: l'activité scribale fleurit jusqu'à tout le XIII^e siècle. Les moines produisirent surtout des manuscrits liturgiques et, dans une moindre mesure, ascétiques. Avec l'addition de manuscrits achetés ou reçus en héritage se forma ainsi le noyau le plus ancien de la bibliothèque.

Au cors des siècles la bibliothèque subit des vicissitudes variées. Beaucoup de manuscrits émigrèrent à Rome (bibliothèques Vaticane et Angelica), mais on en acheta aussi un grand nombre, parmi lesquels une précieuse copie du poème épique byzantin du X^e siècle Digenis Akritas. Dans la seconde moitié du XVI^e siècle une deuxième période de production de manuscrits commença.

La bibliothèque possède aussi un nombre élevé de rares palimpsestes, c'est-à-dire d'anciens manuscrits en parchemin dans lesquels on a gratté l'écriture primitive pour pouvoir la recouvrir d'une écriture nouvelle: il est possible, avec les moyens techniques actuels, de lire encore l'écriture primitive et de récupérer l'oeuvre perdue.

En 1873 la bibliothèque, avec tous les édifices de l'abbaye, fut incaméreé par l'État italien récemment constitué. Elle compte aujourd'hui à peu près 500 manuscrits grecs et autant de manuscrits latins, plusieurs centaines d'incunables et d'éditions du XVI^e siècle et 50.000 livres imprimés.

La communauté monastique possède, à son tour, sa bibliothèque à elle, qui contient 20.000 volumes.

haut moine Matteo Criptoferritis