Già s. Nilo esercitava l'arte del calligrafo con abilità ed eleganza: egli fu anche l'inventore di un proprio sistema di abbreviazioni (tachigrafia) ed è all'origine di una particolare scuola di scrittura, la scuola 'niliana'. Di mano di s. Nilo si conservano tre manoscritti contenenti scritti monastico-patristici. Anche alcuni dei suoi monaci erano scribi e continuarono ad esserlo fino a tutto il XIII sec. producendo essenzialmente manoscritti liturgici e, in minor misura, ascetici. Si formò così, con l'aggiunta di manoscritti acquistati ed ereditati, il nucleo più antico della biblioteca.

Nel corso dei secoli la biblioteca subì varie vicissitudini. Molti manoscritti antichi finirono a Roma (biblioteche Vaticana e Angelica), ma molti ne furono anche acquistati, tra i quali una preziosa copia del poema epico bizantino Digenis Akritas (X sec.). Nella seconda metà del XVI sec. ebbe inizio un nuovo periodo di produzione di manoscritti.

La biblioteca possiede anche un alto numero di rari palinsesti, antichi manoscritti in pergamena nei quali la primitiva scrittura è stata grattata via per fare posto ad una seconda, successiva scrittura: con gli odierni mezzi tecnici è possibile leggere di nuovo la scrittura più antica e recuperare le scritto perduto.

Nel 1873 la Biblioteca, insieme a tutti gli edifici dell'abbazia, venne incamerata dallo Stato italiano di recente formazione. Attualmente essa conta circa 500 manoscritti greci ed altrettanti latini, varie centinaia di incunaboli e cinquecentine e 50.000 libri a stampa.

La comunità monastica, a sua volta, possiede una sua propria biblioteca, contenente 20.000 volumi.

ieromonaco Matteo Criptoferritis